Effekten af hypoallergene diæter, baseret på usædvanlige eller nye ingredienser, er baseret på det faktum, at immunologiske reaktioner på foderkomponenter (hovedsageligt IgE-relaterede type I-reaktioner) kun opstår, hvis dyret tidligere har været udsat for allergenet og dannet antistoffer. Den næste eksponering udløser immunsystemet til at reagere på proteinet i foderet. Sammensætningen af den ideelle hypoallergene diæt afhænger hovedsageligt af de ingredienser, som den enkelte kat eller hund har været udsat for tidligere i sit liv. Det kan være svært at finde en diæt med ingredienser, som patienten aldrig har spist før, især på grund af det stigende antal dyrefoder, der indeholder eksotiske proteinkilder. Der bør udarbejdes en omfattende kostanamnese, som bør omfatte alt, hvad patienten har indtaget i løbet af sit liv, herunder alle ingredienser, der indgår i sammensatte produkter.
Kommercielle eller hjemmelavede diæter baseret på nye ingredienser kan bruges til at håndtere fødevareallergier. Nogle mener, at hjemmelavede diæter er de bedste, især når de bruges som eliminationsdiæter, da de ikke indeholder forskellige tilsætningsstoffer, som kan forårsage en reaktion, eller komponenter, der er produceret ved forarbejdning ved høje temperaturer. På den anden side kan hjemmelavede diæter være dyre og tidskrævende at tilberede eller forårsage forstoppelse eller diarré. En stor ulempe er også, at de fleste hjemmelavede diæter til eliminationstests for hunde og katte med mistanke om fødevareallergi ikke er ernæringsmæssigt komplette, og derfor ikke kan bruges til dyr i vækst eller til langtidsbrug.
Der findes flere kommercielle hypoallergene veterinærfoder på markedet, som er ernæringsmæssigt komplette og afbalancerede, og derfor er mere praktiske at bruge. Selv om ikke alle kommercielle hypoallergene foder virker på alle patienter, er de effektive for langt de fleste. "Almindeligt" foder fra en dyrehandel bør undgås, selv om det ser ud til at indeholde et protein, som dyret kan tåle. Nogle af dette foder kan indeholde flere proteinkilder eller spor af proteiner, som ikke er nævnt på etiketten.